Родился в 1889 году в г. Ковно (Каунас) Литовской ССР в семье мелкого служащего. До начала Первой мировой войны обучался на медицинском факультете в Берлинском университете. В 1915 году был мобилизован и служил до окончания войны ординатором дивизионного лазарета (зауряд-врачом). В 1918 году сдал государственные экзамены в Саратовском университете на медицинский факультет.
В том же году был призван в ряды Красной Армии и до декабря 1919 года был начальником госпиталя в г. Порт-Петровск, а затем помощником начальника эвакопункта г. Владикавказа.
После трех лет службы был демобилизован и работал врачом, главным врачом, заведующим хирургическим отделением окружной больницы в г. Каменец-Подольский на Украине.
С мая 1929 до начала Великой Отечественной войны – ассистент, старший ассистент хирургической клиники Воронежского мединститута. С 1936 года – кандидат медицинских наук.
В июне 1941 года призван в Красную Армию и до 1945 года работал ведущим хирургом различных эвакогоспиталей (№№ 1391, 3591, 2647, 1111) в составе 1-го Украинского фронта. В 1942-1943 гг. одновременно преподавал на курсах усовершенствования военных врачей в Вологде.
Будучи ведущим хирургом эвакогоспиталя 2647, майор м/с Я.Г. Эпштейн – опытный врач и педагог умело организовал лечебное дело, поставил на должную высоту хирургическую работу, улучшил научную и специальную подготовку врачей госпиталя, своей личной работой спас жизнь многим бойцам и офицерам. Лично проводил операции тяжелораненых с черепно-мозговыми ранениями, сделав только за одно полугодие более 200 операций.
За участие в Великой Отечественной войне награжден орденом Красной Звезды и медалью «За победу над Германией».
После окончания войны и до 1948 года – ведущий хирург госпиталя Северной группы советских войск в Германии. Демобилизован в звании подполковника медицинской службы.
В 1948 г. избран доцентом кафедры общей хирургии Ставропольского мединститута. В 1963 году был переведен доцентом на кафедру факультетской хирургии.
В 1967 году ушел на заслуженный отдых.
Умер. Похоронен в Ставрополе.